主要发生在叶片上，叶鞘、茎秆、穗部、颖壳及芒上也可发生。小麦条锈病主要危害叶片及叶鞘，破坏叶绿素，造成光合效率下降，并掠夺植株养分和水分，会导致产量下降甚至绝收。条锈病俗称黄疸病，病斑有铁锈状霉层，呈条状分布，扩展很快。小麦条锈病为害造成表皮破损，植株失水，轻者减产，重者导致小麦无法抽穗颗粒无收。病菌使植物形成伤口，使之流失水分及养分，植物失去叶绿素。条锈病的危害症状是造成叶片不能制造光合产物，影响小麦的千粒重，造成减产。危害麦穗造成空瘪粒。
