病菌主要通过雨水、水流、带菌肥料、农事操作等传播。
该病属于真菌病害。病菌在土壤中越冬，在土中可腐生2至3年。通过水流、农具传播。
病菌以菌丝体或菌核在土壤中或病残组织上越冬，腐生性较强，在土壤中可存活2-3年。病菌通常从伤口或表皮直接侵入幼茎，引起根部发病，借雨水或灌溉水传播。
黄瓜立枯病是由丝核属真菌和半知菌亚门侵染所致，通过灌溉、农具等传播。在土壤中可存活3年左右。病菌发育温度19～42℃，适温24℃；适应pH3～9.5，最适pH6.8。播种过密，分苗、间苗不及时，苗床湿度大，幼苗徒长，苗床缺肥等，都可引起苗期的发病率。