病穗略显暗绿色，颖壳和麦芒稍向外张开，露出部分病粒。病粒比好麦粒粗短，初为暗绿色，以后变为灰黑色或淡灰色，外面包着一层灰白色膜，里面充满鱼腥味的黑粉（病菌的厚垣抱子），所以俗称腥乌麦或臭黑疽。病株一般比健株矮小，分孽增多。两种腥黑穗菌的区别：网腥黑穗病菌厚垣抱子的表面有网状花纹，光腥黑穗病菌的表面是光滑的。
主要为害穗部，病穗的子粒受害几乎全部变为菌瘿，其灰白色膜极易破裂，散出里面的黑粉，整株仅剩光秆穗轴或仅穗上部残留少量子粒。
