糖醋酒诱杀:葱蝇成虫有趋化性。糖醋酒诱杀液的配方:糖3份、醋3份、酒1份、水10份、90%的晶体敌百虫0.1份。将配好的溶液装在盘内，放在韭菜田间，5-7天更换一次，当测得成虫数量连续倍增时，可喷药杀成虫。秋季成虫盛发期多在本地霜冻前40天左右。化学防治:成虫盛发期，喷洒75%的辛硫磷1600倍液或25%的溴氰菊酯、20%的氰戊菊酯3000倍液，或50%的敌敌畏乳油2000倍液。
早春或秋季韭蛆幼虫发生时，每茬韭菜割完后使用蛆小事灌根。好在有机韭菜生长期间定期淋根，方法是先给韭菜畦适量浇水润湿，再用喷雾器淋有机韭菜的根部，这样可以防止由于土壤的渗水而将药液渗透到土壤深层降低药效。
对于霜霉病，可以使用多菌灵进行喷洒，加强通风，控制水量。对于白粉病，使用诺颗粒丰药剂，每隔7天施加一次。对于斑潜蝇，可用黄板诱杀成虫，或者喷洒斑潜净药剂。