首先选用抗病品种；清除作物秸秆等病残体或冬前耕翻将病残体深埋，以减少田间初侵染菌源数量；适时播种，合理施肥，降低田间湿度，防止渍害。在抽穗扬花期用50%多菌灵，或70%甲基托布津可湿性粉剂800－1200倍液喷雾，每亩100千克，可以有效地防止病害流行，一般用药1－2次。用多福合剂（含25%多菌灵、15%福美双）500倍液喷雾，可以兼治散黑穗病；用40%灭菌丹可湿性粉剂200－300倍液喷雾，可以兼治麦类秆锈病；用禾枯宁可湿性粉剂不仅可以有效地防治赤霉病，还可兼治白粉病等病害。
播种前深耕灭茬，清洁田园，种植期间增施磷钾肥，以增强植株的抗性。播种时用苯醚甲环唑、甲基硫菌灵、戊唑醇等进行拌种，预防苗枯和基腐。小麦抽穗至扬花期及时用药进行保护，可选用戊唑醇、己唑醇、氰烯菌酯的单配剂或者复配剂按照推荐剂量兑水均匀喷雾保护。若小麦抽穗至扬花期遇阴雨天气，可选择在雨隙或抢在雨前进行施药，在赤霉病重发地区或重发田块，要在雨后及时开展二次防治。