玉米黑粉病主要危害果穗和雌花，一旦发病，通常导致全株颗粒无收。症状在出穗后显现，部分在苗期即可观察到。苗期症状包括4-5叶上升1-4条黄白条纹；另一种症状是茎秆下粗上细，叶色暗绿，叶片变硬、上挺如笋状；还有兼具前两种症状或6-7片叶显现症状。发病植株一般比正常植株稍矮且细。
多数病株雌穗发病较多，果穗较短，基部粗顶端细，近似纺锤形，不吐花丝，除苞叶外整个果穗变成一个大黑粉包。初期苞叶一般不破裂，黑粉也不外露，后期苞叶破裂，散出黑粉。病株多矮化，分蘖增多。雄性花器变形，雄花基部膨大，内为一包黑粉，不能形成雄穗。雌穗受害果穗变短，基部粗大，除苞叶外，整个果穗为一包黑粉和散乱的丝状物，严重影响玉米产量。