小麦根腐病的防治方法包括合理轮作和加强栽培管理。轮作可以每隔2~3年与非禾谷类作物进行一次换茬，如在东北可以轮种大豆、亚麻、油菜和马铃薯等作物，而在春麦区可以与马铃薯、豌豆和绿肥等作物轮作。栽培管理方面，应深耕土壤，适时播种，避免过晚播种导致播种质量差，从而加重病害。此外，要建立高效农田排水系统，确保雨后及时排水，避免秸秆还田，刨除根茬等措施，以减少土壤菌源，有效控制根腐病。
