胡萝卜菌核病的防治方法主要有：避免用发病植株的果实留种，播种前种子应过筛，除去混于其中的菌核；倒茬轮作；及时清除病残体；加强栽培管理。发病初期，可用化学药剂喷雾防治，每5-7天喷1次，连喷2-3次。选种和推广抗病品种；与麦类、玉米实行2－3年轮作倒茬，避免与瓜类、蔬菜连作。根据品种特性、水肥条件，合理密植；棚室要及时通风排湿，避免高温高湿；雨后及时排水；及时清除病叶、病果及残株；增施磷钾肥，提高植株的抗病免疫能力。使用80%代森锌进行喷雾防治，或用特克多烟剂，每100立方米用量50克或15%腐霉利烟剂每100立方米60克熏烟，隔10天左右再熏一次。