受疫病危害的纠缠，发病初期在叶片部位会长出水浸状的病斑，这种病斑呈暗绿色，病情发展到最后会导致韭菜的叶子腐烂下垂，田间适当地较大时病斑部位会生出白色的霉状物。韭菜疫病还会对韭菜的根部产生危害，导致根部腐烂，韭菜的生长发育缓慢。
根、茎、叶、花薹等部位均可被害，尤以假茎和鳞茎受害重。叶片及花薹染病，多始于中下部，初呈暗绿色水渍状，长5～50毫米不等，有时扩展到叶片或花薹的一半，病部失水后明显缢缩，引起叶、薹下垂腐烂，湿度大时，病部产生稀疏白霉;假茎受害呈水渍状浅褐色软腐，叶鞘易脱落，湿度大时，其上也长出白色稀疏霉层，即病原菌的孢子囊梗和孢子囊。鳞茎被害，根盘部呈水渍状，浅褐色至暗褐色腐烂，纵切鳞茎内部组织呈浅褐色。