防治小麦纹枯病要及时有效，在早春季节进行防治效果好。
小麦纹枯病主要危害茎基部，形成云纹状病斑。
小麦纹枯病主要危害叶鞘和茎杆，严重时也危害麦穗。
这个病主要是发生在叶片上，刚开始初期病斑为褐色的圆斑点，里面是灰白色的，边缘部分为红褐色，到了后期病斑会发生干枯，着生黑色的颗粒。这个病在雨季发病严重，病菌出现的可能较大。
加强肥水管理，多施有机肥，预防为主，综合防治。有机肥一定要发酵后使用，以防烧根。
小麦纹枯病，一般在3月中旬到4月下旬防治。加强田间管理技术预防病虫害发生。小麦纹枯病一般是返青期至拔节期防治，效果最好。加强田间管理，及时防治病虫害。一般情况下在小麦纹枯病拔节期间防治。及时防治病虫害及时补充养分。加强田间管理和病虫害防治技术。化学防治，建议在早上，田间湿润，药液在茎基部停留的时间长，有利于吸收。防治纹枯病的药剂也有很多，戊唑醇、噻呋酰胺、吡唑醚菌酯、苯甲丙环唑等等，按照说明的用量在合适的时间喷洒，防治效果都不错。小麦纹枯病在播前对种子处理，早春小麦返青期喷药预防。
小麦纹枯病主要发生在小麦的叶鞘及茎秆上。小麦出苗后，根茎、叶鞘即可受害，根部也可被侵染。后期发病严重的小麦，病斑危害茎壁导致茎壁坏死，无法向顶部传输水分和养分。导致主茎和分蘖出现无法出穗的问题，从而形成“枯孕穗”。如果不加以防治，一直危害到收获前。