南瓜苗期病害主要有：猝倒病、枯萎病、炭疽病、白粉病；虫害主要有：蓟马、黄守瓜和黑守瓜、蚜虫、美洲斑潜蝇等。
黄守瓜是瓜类作物上最常发生的虫害，西瓜，南瓜，冬瓜，甜瓜都会发生，其对苗期危害最大。因此防治重点应放在苗期。在种植南瓜之前，做足防治病虫害的工作，采用传统下来的防治病虫害方法，用稻草制作草木灰，用水浸泡1-2天的时间，配比适当的水量，泼洒在土壤搞伴均，铺盖上尼龙纸一天时间，瓜田收获后，彻底清除瓜蔓、残根，铲除杂草，消灭越冬成虫。在成虫产卵前，露水未干时，在瓜苗基部撒石灰、麦糠、草木灰，防止成虫产卵。瓜苗定植后喷洒80%敌敌畏乳油。