菌核病主要危害叶片和花梗，多发生在近地表处。病原为葱核盘菌，以菌核潜藏在病残体在土中越冬，第二年子囊孢子随风雨传播。多雨季节、湿度大、连作、排灌不畅以及土壤酸性、黏重的地块发病严重，施氮过多也易得病。严重时全株倒伏，基部腐烂，葱株死亡，病部产生白色絮状菌丝和黑色短杆状或粒状菌核。病株的叶和花梗先端变黄，逐渐向下扩展，后枯死下垂，后期病部变为灰白色，管状叶和根部长出白色至黑色不规则形菌核，有时数个菌核粘合成一片。
