茎基腐病主要危害茎秆和根部，病变部位首先呈现褐色斑点，稍凹陷后逐渐扩展形成梭形或长条形病斑。病斑绕茎一周后失水干缩，导致植株枯萎死亡。繁缕茎基腐病不仅影响茎部，还会侵染叶片和蒴果，严重时导致全株死亡。
叶片受害时，初期出现黄褐色小斑点，随后扩展为圆形或近圆形病斑，中央部分呈灰白色，边缘呈暗褐色。病斑四周有黄色晕圈，病健界限明显。后期病斑穿孔，病叶早期枯死。叶柄和茎部感染时，产生梭形斑，后变为红褐色条斑。茎部病斑褐色，梭形或条形，中央凹陷；蒴果上病斑红褐色或紫色，略凹陷。病部常出现密生黑色小霉点，为病原菌分生孢子器。病害严重时全株枯死。