防治玉米腐穗病，应选用抗病品种并进行药剂拌种，适时播种，出苗后加强田间管理。在抽穗发病初期，喷施多菌灵、苯菌灵乳油或甲基硫菌灵等药剂，隔7至10天一次，根据病情用药1至2次。播种前进行种子处理，使用杀菌剂减少种子上的镰孢菌等病菌，防止苗期土传病害。同时，防治穗期虫害如玉米螟、桃蛀螟、金龟子、蝽类和棉铃虫，减少伤口，有效减轻穗腐病的发生。
