棉花棉苗炭疽病在苗期和成株期均可发病。苗期染病时，若在发芽后出苗前受害，可能导致烂种；出苗后，茎基部会出现红褐色绷裂条斑，扩展缢缩进而造成幼苗死亡。分生孢子盘周围生有许多褐色刚毛，盘上产生许多根棒状、无色的分生孢子梗，梗顶端各生一个分生孢子。分生孢子长椭圆形或一端稍窄短棒状，无色、单胞，尺度为9-26μm×3.5-6.7μm，许多分生孢子聚集一堆时，形成橘红色的粘质物。
