首先切断病菌来源，彻底砍伐在苹果及梨园5千米以内的桧柏树，破坏病害的侵染循环。建立新果园时，应尽量远离种植有桧柏等转主寄生的风景区。大型果园可规划建立保护林带，进行隔离，防治病菌的传播。再结合化学药剂防治。苹果锈病的防治要点包括移栽果园附近的桧柏树，以免形成循环感染圈；及时检查果园，发现病情，因及时剪除染病部位，然后集中烧毁；调控果园湿度，通过合理修剪增加通风透光，遇降雨过大的天气，应及时排水；选用嘧啶核苷类抗菌素进行防治。
