大蒜锈病主要危害叶片和假茎。发病初期,叶片和假茎上出现梭形褪绿斑点,随后在表皮下产生圆形或椭圆形稍凸起的夏孢子堆。表皮破裂后散出橙黄色粉状物,即夏孢子。病斑四周具黄色晕圈,后病斑连片导致全叶黄枯,植株提前枯死。生长后期,在未破裂的夏孢子堆上产生黑色冬孢子堆,使表皮破裂。