苹果褐斑病主要危害叶片和果实，也可侵染叶柄。天气潮湿时，病部正反面均可长出墨绿色至黑色霉状物，即病菌的分生孢子梗和分生孢子。夏、秋高温高湿，病菌繁殖量大，发病周期缩短，秋梢部位叶片病斑迅速增多，一片病叶上常有病斑10-20个，多斑融合成不规则大斑，叶即穿孔或破碎，生长停滞，枯焦脱落。
叶片症状：褐斑病在叶片上主要有针芒型、同心轮纹型和混合型3种。①针芒型。病斑呈针芒放射形向外扩展，斑点小且多，形状不固定，病斑上有很多隆起的小黑点，后期叶片渐黄，病部周围及背部仍保持绿色。②同心轮纹型。发病初期叶面出现黄褐色小点，逐渐扩大为圆形，中心黑褐色，周围黄色，病斑周围有绿色晕圈，直径1-2.5厘米，病斑中心出现轮纹状黑色小点，病斑背部中央深褐色，四周浅褐色，无明显边缘。③混合型。病斑暗褐色，较大。近圆形或数个不规则病斑连接在一起形成不规则形，直径0.3-3厘米，其上散生黑色小点，但轮纹状不明显，后期病叶变黄，病斑边缘仍保持绿色，时间长了病斑中间呈灰白色。上述3种症状一般难以区分，品种不同发病症状不同。3种症状共同特点：发病后期病斑中央变黄，周围仍保持绿色晕圈，且病叶容易脱落。
果实症状：果实染病初期果面有淡褐色小点，渐扩大呈圆形或不规则形，边缘清晰，褐色斑稍凹陷，直径4-6毫米，表面散生褐色小点，病斑表皮下果肉褐色，组织疏松不深，呈干腐海绵状。
叶柄症状：叶柄染病后，产生长圆形褐色病斑，常常导致叶片枯死脱落。