莲藕病毒病的防治主要选择适合本地生长发育抗病能力强的优质高产品种，倒茬轮做种植，合理密植，施用发酵腐熟有机肥配合施用一定数量微量元素肥料等。选种抗病毒品种，发现病株及时拔除，发病初期喷菌毒清。莲藕种植应注意及时预防虫害与加强田间管理工作的。注意寻找抗病品种。加强调查,一经发现初发病株,应尽早挖毁,并对挖毁的病株插上竹标记,对病情继续进行监测,收获时。合理轮作是目前防治此病最有效的方法,轮作周期一般为2～3年,注意从无病藕田选择健株作种藕,防止带菌传病。合理施肥,不偏施氮肥,增强植株抗病性。种植前,用70%甲基托布津1000倍液或75%百菌清800倍液喷雾闷种,盖农膜密闭24小时,晾干后种植。发病初期,用75%百菌清0.5千克加泥土30千克,拌匀后撒入浅水田内,或用50%多菌灵可湿性粉剂600～800倍液、50%托布津可湿性粉剂800～1000倍液,每隔7～10天喷一次,连喷2～3次,均有一定效果。