无病田采种，或用0.3%的25%甲霜灵可湿性粉剂拌种。南方采取高厢栽培，便于排水和通风。北方和保护地栽培采取稀播和早期间苗。越冬菠菜苗期拔除病株(包括病毒病)，以防蔓延。早春在菠菜田内发现系统侵染的萎缩株，要及时拔除。重病区应实行2~3年轮作。加强栽培管理，做到密度适当，科学灌水。菠菜不宜连作，实行2-3年轮作。发病初期喷施58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂500倍液，或72%克露可湿性粉剂800倍液，或64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液，药剂在收获前20天停用。
