南瓜病毒病是由蚜虫传播的，特别是在高温干旱的条件下。环境因素如高温干旱、光照强等有利于蚜虫的发生和病毒的繁殖。种子可能携带病毒，而不同的病毒可能在不同的寄主上越冬，例如在多年生杂草或土壤中。不恰当的田间管理和人为的接触也会增加病毒的传播。
防治要点包括种子处理，如用清水浸种后，在10%磷酸三钠溶液中浸种20分钟，或用55℃温汤浸种40分钟后冷却。加强田间管理，适时播种，合理肥水，培育壮苗。在农事操作中，接触过病株的手要用肥皂水洗净。及时防治传毒媒介昆虫，在蚜虫、粉虱、蓟马发生初期用药防治。药剂防治可在发病始见期或发病前开始，病毒抑制剂和生长促进剂配合施用，如叶绿壮浓缩叶面肥、菌克毒克水剂、病毒A可湿性粉剂、病毒灵乳油、植病灵II号乳剂、病毒必克可湿性粉剂等，每隔7～10天一次，连续防治2～3次，注意交替用药。
浙江及长江中下游地区南瓜病毒病有春季5-6月和秋季9-11月两个发生盛期，一般秋季重于春季。气温在24～28℃时，植株染病也不显症状；当温度高于30℃时，染病植株才表现受害症状。高温干旱有利于蚜虫迁飞和繁殖，易诱发此病流行。