枯萎病在南瓜苗期、伸蔓期至结果期均可发生，以开花坐果期和果实膨大期为发病高峰，果实开始成熟时病害趋于稳定。其典型症状是萎蔫。幼苗发病时，子叶萎蔫或全株枯萎，呈猝倒状。开花结果后发病，病株叶片逐渐萎蔫，似缺水状，中午更为明显，早晚尚能恢复，数日后整株叶片呈褐色腐烂，稍缢缩，茎基部纵裂，裂口处有时溢出琥珀色胶状物。将病茎纵剖，可见维管束呈黄褐色。
南瓜枯萎病是由尖镰孢菌黄瓜专化型引起的病害。幼苗期子叶先变黄，幼苗萎蔫或枯萎。成株期在开花结果后期发病，叶片从老叶向前端逐渐萎蔫似缺水状。植株无明显的病斑，但出现烂种、死芽，种子失去活力。幼苗染病时，子叶先变黄、萎蔫或全株枯萎、叶片下垂、茎基部或茎部变褐、缢缩呈立枯状。
瓜秧生长缓慢，下部叶片发黄并向上发展，植株基部表皮粗糙，根茎部出现纵裂，在湿度较大时，纵裂口流出树脂状胶状物，同时病部周围出现粉红色霉状物。根部维管束变为褐色，根系遭严重破坏，根毛坏死脱落，植株易拔起。