镰刀菌根腐病的病原为瓜类腐皮镰孢菌。以菌丝体、厚垣孢子或菌核在土壤中及病残体上越冬。尤其厚垣孢子可在土中存活5～6年或长达10年，成为主要侵染源，病菌从根部伤口侵入，后在病部产生分生孢子，借雨水或灌溉水传播蔓延，进行再侵染。高温、高湿利其发病，连作地、低洼地、黏土地或下水头发病重。发病的适宜温度为25℃。拟茎点霉根腐病的病原为拟茎点霉菌，随病残体在土壤中越冬，15～30℃均可发病，20～25℃发病重。土壤黏重，通透性差，植株生长衰弱易发病。黄瓜幼苗腐霉根腐病的孢子可借助灌溉传播，萌发的游动孢子常从根尖处侵入寄主，影响黄瓜苗的存活率。田间持水量在80%以上，白天地温在18～21℃，夜晚地温在15～16℃，最易发病。如果遇到连阴天后天气突然转晴，日光温室的温度变幅较大，此时将加重根腐病的发生。在大水漫灌或滴灌后就覆盖地膜，往往造成发病严重。整地粗放，土地不平，瓜畦坡度大，靠畦口、畦背等局部低洼易积水地段，瓜株首先发病。