水稻细菌性褐条斑病主要发生在水稻叶片上，表现为叶片形成条斑，病斑表面常分泌出露珠状的蜜黄色菌脓，干结后成黄色树胶状小粒，形同虚线，不易脱落。严重时，条斑融合成不规则的黄褐色至枯白色大斑块，外形与白叶枯病相似，但对光观察可见许多透明的细条。病情严重时叶片卷曲，田间呈现一片黄白色。
苗期受侵后，最初多在叶脉特别是主脉上出现褐色小点，逐渐向上下扩展成为褐色或紫褐色条斑，条斑长度可与叶片相等，边缘清晰。发病重的秧苗可能不久即枯死，一般在四叶期后病情逐渐停止，随着病叶枯黄脱落，不再出现症状。
成株发病，先从叶片的基部中脉上开始，病斑黄色，呈水渍状，逐渐沿中脉上下延伸，可上至叶尖，下达叶鞘基部，色泽由黄褐色转浓褐，成为长形褐条，病部中脉略显肥肿，最后全叶枯黄纵卷而死。叶鞘病斑为不规则形斑块，初黄色，继变黄褐色，直至基部腐烂。心叶抽出前发病，不能继续向上生长而死于心内。所有病部用手挤压，都有乳白色至淡黄色混浊的菌液流出。