菠菜的病害主要有霜霉病、猝倒病、根腐病、白叶斑病、灰霉病、叶斑病、病毒病、矮花叶病、枯萎病和根结线虫病；虫害主要有蚜虫、潜叶蝇、夜蛾、菜青虫、小菜蛾等。防治病虫害，可结合农业防治和药剂防治进行。农业防治包括实行2～3年轮作，合理密植，科学灌水，清洁田园，及时清理病残体。药剂防治时，注意科学用药，药剂要交替使用，一般每隔6～7天喷1次药剂。收获前15天禁止使用任何化学药剂。发病初期，可选择嘧菌·百菌清、恶酮·霜脲氰、霜·代·乙膦铝、丙森锌、甲霜·百菌清等兑水喷雾，视病情间隔7-10天喷一次。发病普遍时，可选择霜霉威盐酸盐·氟吡菌胺、吡唑醚菌酯、霜霉威·乙膦酸盐、烯酰吗啉百菌清等兑水喷雾，视病情间隔5-7天喷一次。农药要交替施用，防止产生抗药性。