水稻产生秕粒的原因有很多，分为内因和外因。内因主要有：抽穗前，雌雄性器官发育不全，影响正常的受精过程，形成空壳；抽穗扬花时，雌雄性器官不能协调，也不能正常进行受粉而形成空壳。外因比较复杂：气候条件，如温度、湿度、光照和风等，温度低于20度或高于35度，湿度低于60%或高于80%时，都会影响受精；栽培条件，如施用氮肥过多会增加空秕粒率，前期排水不及时、中期晒田时间长、后期断水过早导致水稻早衰，使空秕大量增加；此外，缺乏相关营养元素如Zn、P，以及某些病虫害也会导致秕粒。
