选择消毒药时，不但要符合广谱、高效、稳定性好的特点，而且必须选择对猪只无刺激或刺激性小、毒性低的药物。强酸、强碱及甲醛等刺激性、腐蚀性强的药物，虽然对病原菌杀灭作用强，但对猪只有害，不适宜作为带猪消毒的消毒剂，可以作为环境消毒剂使用。带猪消毒建议选用强效碘、百菌消、强力消毒灵、二氧化氯等药物，效果比较理想。不是每一种消毒药对所有病原都有效，在生产中应对不同的消毒目标有针对性的选择消毒药，如预防口蹄疫时，碘制剂效果较好；预防感冒时，过氧乙酸是首选；预防传染性胃肠炎时，高温和紫外线更实用。使用的消毒药应经常更换，这样才能起到理想的消毒效果。下面介绍常见的消毒药物。
消毒的主要目的是杀灭传染源的病原体，猪传染病的发生要有三个基本环节：传染源，传播途径，易感动物。病原体就会通过空气、饲料、饮水等途径，入侵易感猪群，引起疫病发生。消毒预防是疫病防治的关键措施之一，但不是唯一措施。