猪乙型脑炎潜伏期极短，通常在三天左右，临床表现为高烧、脑炎等症状。妊娠期母猪感染后，一般会有突然流产、早产、产死胎等症状。公猪感染后一般表现为睾丸炎，同时生猪的睾丸还会肿胀变大。但这种肿胀往往在几天内就会消失，但生猪的病情没有好转，睾丸硬化，性欲也会衰退。
乙脑病毒属披膜病毒科黄病毒属，呈球型，直径20～30nm，核心含单股RNA，有衣壳。在脂蛋白囊膜表面有血凝素刺突，能凝集鸡、鹅、羊等动物红细胞。抗原性稳定，日本乙型脑炎病毒，与圣路易斯脑炎病毒，墨累河谷脑炎病毒及西尼罗病毒同属一个复合群，均为人蓄共患病毒，但只有本病对家蓄有明显致病性。
乙脑病毒属于黄病毒科黄病毒属。病毒粒子呈球形,20面体对称，单股RNA病毒，有囊膜。有血凝活性,能凝集鸡、鸭、鸽和绵羊的红细胞。能在鸡胚卵黄囊增殖，在鸡胚呈纤维细胞、猪肾传代细胞上生长，并产生细胞病变和蚀斑。
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