猪感染囊虫一般无明显症状。极严重感染的猪可能有营养不良、生长迟缓、贫血和水肿等症状。某些器官严重感染时可能出现相应的症状。如侵害与呼吸有关的肌群、肺和喉头时，出现呼吸困难、声音撕哑和吞咽困难等症状；寄生于眼内，有视力障碍甚至失明症状；寄生于脑内，有癍痫和急性脑炎症状甚至死亡。猪囊虫病的临床症状是严重感染时可在舌根部察见稍硬的豆状隆起囊尾蚴。肩胛部增宽，臀后部隆起，病猪喜卧，睡觉时发出鼾声。患猪多呈现慢性消耗性疾病的一般症状，常表现为营养不良，生长发育受阻，被毛长而粗乱，贫血，可视黏膜苍白，且呈现轻度水肿。患猪腮部肌肉发达，前膀宽，胸部肌肉发达，而后躯相应的较狭窄，即呈现雄狮状，前后观察患猪表现明显的不对称。患猪睡觉时，外观其咬肌和肩胛肌皮肤常表现有节奏性的颤动，患猪熟睡后常打呼噜，且以深夜或清晨表现得最为明显。外观患猪的舌底、舌的边缘和舌的系带部有突出的白色囊泡，手摸猪的舌底和舌的系带部可感觉到游离性的米粒大小的硬结。患猪眼球外凸、饱满，用手指挤压猪的眼眶窝皮肤可感觉到眼结膜深处有似米粒大小的游离的硬结。