山羊痘的潜伏期为6-8天。病情的初期表现为鼻孔闭塞和呼吸急促，部分山羊会有浆液或黏液性鼻涕流出，眼睑肿胀，结膜充血，并有浆液性分泌物，体温升高至41-42℃。症状还包括在鼻孔周围、面部、耳部、背部、胸腹部和四肢无毛区出现直径为两分至一元钱硬币大小的疹块，这些疹块在破裂后会有淡黄色液体流出，并逐渐结痂。病程大约持续4周。在某些情况下，山羊痘可能并发呼吸道、消化道和关节炎症，严重时可能导致脓毒败血症和死亡。
另一种描述的潜伏期为5-6天，初期症状为红色或紫红色小丘疹，质地坚硬，之后可能发展为顶端扁平的水疱、出血性大疱或脓疱，中央可能有脐凹，大小为3-5厘米。水疱在24-48小时内破裂，形成覆盖有厚厚淡褐色焦痂的表面，痂周围有灰白色或紫红色晕，外围再绕以红晕，最终变为乳头瘤样结节，随后干燥、结痂并自愈。整个病程一般为3周，有时可能长达5-6周，病愈后可获得永久性免疫。皮疹通常数量不多，好发于手指、前臂和面部等暴露部位，可能伴有轻微肿痛，局部淋巴结肿大。部分病人在发病后2周，躯干部可能出现一过性斑丘疹，或在四肢伸侧出现多形红斑样皮疹。