羊痘潜伏期5～6天，初起为红色或紫红色的小丘疹，质地坚硬，以后扩大成为顶端扁平水疱，能发展成出血性大疱或脓疱，中央可有脐凹，大小为2～3cm，最大可达5cm。在24～48小时内疱破表面覆盖厚的淡褐色焦痂，痂四周有较特殊的灰白色或紫红色晕，其外再绕以红晕，以后变成乳头瘤样结节。最后变平、干燥、结痂而自愈。
病程一般为3周，也可长达5～6周，获得永久性免疫。皮疹数目不多，为单个或数个，好发于手指、前臂及面等暴露部位。除了局部有轻微肿痛外，无全身症状或仅有微热，局部淋巴结肿大。有些人在发病后2周，于躯干部出现一过性斑丘疹，亦可在四肢伸侧出现多形红斑样皮疹。
山羊痘潜伏期6到8天，病初鼻孔闭塞、呼吸促迫，有的山羊流浆液或粘液性鼻涕，眼睑肿胀、结膜充血、有浆液性分泌物，体温升高到42℃，鼻孔周围、面部、耳部、背部、胸腹部、四肢无毛区、有两分至一元钱硬币大小的块状疹，疹块破溃后，有淡黄色液体流出，时间长了结痂。