牛病毒性慢性腹泻较少见，病程2～6个月，有的达1年。病畜消瘦，呈持续或间歇性腹泻，里急后重，粪便带血或黏膜。鼻镜糜烂，但口腔内很少有糜烂。蹄叶发炎及趾间皮肤糜烂坏死，致使病畜跛行。
主要在消化道和淋巴组织，口腔（口黏膜、齿龈、舌和硬腭）、咽部、鼻镜出现不规则烂斑、溃疡，以食道黏膜呈虫蚀样烂斑最具特征。流产胎儿的口腔、食道、真胃及气管内有出血斑及溃疡。运动失调的犊牛，严重的可见到小脑发育不全及两侧脑室积水。
慢性型腹泻多由急性型转来，很少有明显的炎症症状，口腔粘膜很少发生坏死和溃疡，但齿龈通常发红。病畜表现为间歇性腹泻，流鼻汁，鼻镜干燥后逐渐糜烂连成一片。眼睛流泪或流粘糊透明分泌物，有的角膜混浊或发生青光眼，有的表现慢性蹄叶炎和严重趾间坏死导致跛行，还有的可见局限性脱毛和表皮角化。病牛发育不良，最终衰竭死亡。