羊球虫已孢子化卵囊对外界的抵抗力很强，一般消毒药很难将其杀死。对圈舍和用具，最好使用70~80℃的热水或热碱水消毒；也可应用火焰消毒；经常保持圈舍及周围环境的通风干燥；成年羊是球虫的散播者，最好将成年羊与幼羊分群饲养管理；提前使用抗球虫药物预防。
药物治疗方案：
a、呋喃唑酮(痢特灵)：按每千克体重7-10毫克，口服，连用7天。
b、磺胺二甲嘧啶：按每千克体重第1天为0.2克，以后改为0.1克，连用3-5天。
c、磺胺与甲氧嘧啶加增效剂：按5:1比例配合，按每天每千克体重0.1克剂量内服，连用两天。
d、硫化二苯胺：每千克体重0.2-0.4克，每天1次，内服，使用3天后间隔1天。
e、氯霉素：按每天每千克体重0.33-1毫克，连用2-3周。