急性病例没有特征性病变,通常都是营养良好,死后尸体迅速腐烂。剖检可见真胃含有未消化的饲料,左心室的心内外膜下有出血点,肺腑出血和水肿,肾脏充血、肿胀,比较柔软,胸腺常发生出血,大小肠出血。病程较长病例胃内充满未消化的饲草,胃壁有黏膜脱落和溃疡,腹膜及肠浆膜下有出血斑点,肠管内充满大量气体和少量带血的液体,肠黏膜脱落和溃疡,心脏肿大,心包内有混浊积液,心内外膜有小点出血,肾脏表面充血,实质松软如泥,略加触压即烂,胆囊肿大1~3倍,胆汁较黏稠,小肠壁呈血红色,有的病例有溃疡。羊肠毒血症的病理变化还包括腹膜和肠系膜有出血点，真胃和小肠弥漫性出血，充满大量气体和少量血色内容物，躲血肠子病，肾脏软化如泥状，肝脏和胆囊肿大，胸腔积液、心内外膜有出血点。