羊舍消毒常用火碱、生石灰、来苏儿来进行消毒。生石灰加水配成10%～20%石灰乳，适用于消毒口蹄疫、传染性胸膜肺炎、羔羊腹泻等病原污染的圈舍、地面及用具，干石灰可以撒布地面进行消毒。选择消毒药物时应尽可能选用广谱消毒剂或根据特定的病原体选用对其作用最强的消毒药，消毒药的稀释度要准确。同时，要防止消毒药之间的拮抗作用使药效降低，不应任意将两种不同的消毒药物混合使用或消毒同一种物品。消毒药物应定期替换，以免病原菌产生耐药性。羊舍地面消毒常用生石灰，墙壁及顶棚常用熏蒸与喷雾的方法。熏蒸常选用福尔马林及高锰酸钾混合产生烟雾，喷雾则选用次氯酸纳水溶液。