养殖场场区大门设消毒池，对入场车辆消毒；生产区入口设消毒通道，对进生产区人员消毒；羊舍入口设小消毒池，入舍人员脚踏消毒，所有设施内消毒药一周一更换。养殖场舍外环境、排污道入口一月一消毒；羊舍内正常情况下一周一消毒，周也疫情严重或本场疫病发生期间做到一天一消毒。
养殖区人口消毒。养殖区入口，地面用麻袋片或草垫浸氢氧化钠溶液或撒生石灰消毒。养殖区周围环境消毒。羊舍、羊圈、场地及用具应保持清洁、干燥；每天清除污物；清除羊舍周围的垃圾，填平死水坑；认真开展消灭鼠、蚊、蝇等工作。羊舍周围环境定期用火碱或撒生石灰消毒。圈舍消毒。羊舍清扫后消毒，无羊消毒时，可关闭门窗，用福尔马林熏蒸消毒12~24小时，然后开窗通风24小时。也可用10%~20%的石灰乳或的漂白粉溶液或2%~4%氢氧化钠消毒，最后开门窗通风，用清水刷洗饲槽、用具、将消毒药味除去。
羊场应设有消毒室，室内两侧、顶壁设紫外线灯，地面设消毒池，用麻袋片或草垫浸4%氢氧化钠溶液，入场人员要更换鞋，穿专用工作服，做好登记。场大门设消毒池，经常喷4%氢氧化钠溶液或3%过氧乙酸等。消毒方法是将消毒液盛于喷雾器，喷洒天花板、墙壁、地面，然后再开门窗通风，用清水刷洗饲槽、用具，将消毒药味除去。如羊舍有密闭条件，舍内无羊时，可关闭门窗，用福尔马林熏蒸消毒12小时～24小时，然后开窗通风24小时，福尔马林的用量为每立方米空间25毫升～50毫升，加等量水，加热蒸发。一般情况下，羊舍消毒每周1次，每年再进行2次大消毒。产房的消毒，在产羔前进行1次，产羔高峰时进行多次，产羔结束后再进行1次。在病羊舍、隔离舍的出入口处应放置浸有4%氢氧化钠溶液的麻袋片或草垫，以免病原扩散。
要选择对重点预防的疫病有高效消毒作用的消毒剂,而且要适合消毒的对象,不同的部位适合不同的消毒剂,地面和金属笼具最适合氢氧化钠,空间消毒最适合甲醛和高锰酸钾。不同的消毒液对不同的病原体敏感性是不一样的,一般病毒对含碘、溴、过氧乙酸的消毒液比较敏感,细菌对含双链季铵盐类的消毒液比较敏感。所以,在病毒多发的季节或牛生长阶段(如冬春)应多用含碘、含溴的消毒液,而细菌病高发时(如夏季)应多用含双链季铵盐类的消毒液。对于球虫类的卵囊,则用杀卵囊药剂各种病原体只用一种消毒剂消毒不行,总用一种消毒液容易使病菌产生耐药性,同一批牛应交替使用2~3种消毒液。消毒液选择还要注意应选择不同成分而不是不同商品名的消毒液。因为市面上销售的消毒液很多是同药异名。
养殖区人口消毒。养殖区入口，地面用麻袋片或草垫浸氢氧化钠溶液或撒生石灰消毒。养殖区周围环境消毒。羊舍、羊圈、场地及用具应保持清洁、干燥；每天清除污物；清除羊舍周围的垃圾，填平死水坑；认真开展消灭鼠、蚊、蝇等工作。羊舍周围环境定期用火碱或撒生石灰消毒。圈舍消毒。羊舍清扫后消毒，无羊消毒时，可关闭门窗，用福尔马林熏蒸消毒12~24小时，然后开窗通风24小时。
羊舍常用的消毒药物和消毒方法如下：①用生石灰加水配成10％～20％石灰乳，适用于消毒口蹄疫、传染性胸膜肺炎、羔羊腹泻等病原污染的圈舍、地面、用具及排泄物等。②3％～5％来苏尔溶液可供羊舍、用具和排泄物的消毒；2％～3％来苏尔溶液用于手术器械及洗手消毒。③0.5%过氧乙酸溶液用于喷洒地面、墙壁和食槽等；④1%～2%的氢氧化钠溶液用于被细菌、病毒污染的圈舍、地面和用具消毒；⑤0.5%～2%氯胺溶液用于被污染的器具和圈舍消毒。