牛粪可以作为农家肥发酵使用，在内蒙古还是很好的燃料，有农谚称：“冬天找阳坡，夏天找阴凉，渴了喝点山涧水，饿了吃点牛粪烤干粮。”这描述的就是放牧人的生活。
1.人工清粪。即人工利用铁锨、铲板、扫帚等工具将粪便收集成堆，人力装车运至堆粪场或直接施入农田，这是小规模牛场普遍采用的清粪方式。饲养员定期对牛舍内水泥地面上的牛粪进行人工清理，这种方式无需设备投资、简单灵活，但工人工作强度大、环境差，且工作效率低。
2.半机械清粪。这种方法将铲车、拖拉机改装成清粪铲车，或者购买专用清粪车辆、小型装载机进行清粪。
3.刮粪板清粪。新建的规模牛场主要采用刮粪板清粪，该系统主要由刮粪板和动力装置组成。清粪时，动力装置通过链条带动刮粪板沿着牛床地面前行，刮粪板将地面牛粪推至集粪沟中或牛舍一边。
4.堆肥发酵。清理的牛粪送至堆粪场经堆积发酵无害化处理后，即成为有机肥料。
