做好日常饲养管理，尤其是管理好没有经过乙脑流行季节的幼龄动物和从非疫区引进的动物。这类动物大多为乙脑阴性，很易感染，一旦感染则很快产生病毒血症，成为传染源。尤其是猪，饲养期短，猪群更新快，因此应在乙脑流行前完成疫苗接种，并在流行期间尽量杜绝蚊虫叮咬。动物发病后立即隔离治疗，做好护理工作，可减少死亡，促进健康。
无治疗方法，一旦确诊最好淘汰。做好死胎儿、胎盘及分泌物等的处理；驱灭蚊虫，注意消灭越冬蚊；在流行地区猪场，在蚊虫开始活动前1-2个月，对4月龄以上至两岁的公母猪，应用乙型脑炎弱毒疫苗进行预防注射，第二年加强免疫一次，免疫期可达3年，有较好的预防效果。
综合防控，对症施治:猪乙型脑炎尚无特效的治疗方法。预防控制该病最有效的措施是接种疫苗；同时，要加强疫情监测，搞好环境卫生，定期消毒灭蚊，减少蚊虫叮咬；加强宿主动物管理，对病死畜禽及流产胎儿等严格进行无害化处理等，只有消灭环境中的病原体等传染源，切断猪—蚊—猪的传播链，才能有效控制该病的发生、传播与流行。
治疗措施：本病目前尚无有效的治疗药物，但可根据实际情况进行对症治疗和抗菌药物治疗，能缩短病程和防治继发感染。(1)脱水疗法。治疗脑水肿、降低颅内压，脱水药物有20%甘露醇、25%山梨醇、10%葡萄糖等。(2)镇静疗法。对兴奋不安的病猪可用氯丙嗉、乙酰普马嗪等。(3)退热镇痛疗法。若体温持续升高，可使用安替比林、安乃近等。(4)抗菌疗法。可试用各种抗生素、磺胺类药物，以防继发感染。
猪乙型脑炎的防治措施:(1)首选注射乙型脑炎弱毒疫苗，免疫4月龄至2岁的后备公母猪。使用方法参照说明书。(2)圈舍、场地作严格消毒后方可再进猪饲养。(3)作好流产胎儿的无害化处理及消毒工作。(4)消灭蚊虫。
及时进行疫苗免疫。猪场后备母猪、种公猪，可在配种前20～30天加强免疫1次。猪舍定期使用杀虫药杀虫。用驱杀蚊蝇的药物，不太引人注意的小角落、墙壁裂缝、顶棚空隙等处，都要喷施到位。针对发病动物及时隔离治疗。动物发病后立即隔离治疗，做好护理工作，可减少死亡，促进健康。猪舍用2%福尔马林溶液、3%来苏儿溶液或10%生石灰乳消毒，死仔猪和胎衣等要进行无害化处理。