体内寄生虫就是生活在宿主身体内部的寄生虫，一般寄生于狗狗的肠道内。最常见的是蛔虫、绦虫、钩虫、球虫，病症表现哺乳体外寄生虫那么明显，相对来说更难发现。只有当成虫大量出现时，才能在狗狗的粪便中或呕吐物中见到成虫或虫卵。寄生虫会吸取狗狗养分。随着体内寄生虫繁殖数量增多，会引起狗狗消化不良、厌食偏食或由此引发的营养不良性贫血。跟体外寄生虫一样，有些体内寄生虫也有可能会传染给人类，危害人类的生命健康。
蛔虫最常见的寄生虫之一，幼宠及成年狗容易被感染，地面上的虫卵是主要传染源，另外老鼠也是传染源之一，严重的蛔虫感染会导致幼宠因营养不良而死亡，所以主人不能掉以轻心。