羊棘球蚴病的临床症状及病理解剖主要取决于棘球蚴的大小、数量和寄生部位。机械性压迫导致体内组织发生萎缩和功能障碍，其分泌的代谢产物被吸收后可引起组织炎症和全身过敏反应。绵羊症状表现为消瘦、被毛粗乱、脱毛、黄疸、腹水、咳嗽、卧地不起等。叩诊肺部时，不同部位出现局限性半浊音病灶，听诊时肺泡呼吸音微弱；叩诊肝脏时，浊音区明显扩大，触诊时羊表现疼痛。
解剖病死羊，可见肝脏体积增大，表面凹凸不平，组织内含白色颗粒状棘球蚴卵囊，卵囊光滑透明，单个或多个附着于肝上，切开卵囊有透明液流出，并可见虫体。轻度感染和感染初期通常无明显症状；严重感染的羊，被毛逆立，时常脱毛，肥育不良，肺部感染时有明显咳嗽，咳后往往卧地，不愿起立。寄生在肝表面时，可能出现消化不良等症状。