潜伏期为2～30天，一般2～6天，临床上分为急性型和慢性型。急性型（败血病）：多见于断奶后不久的仔猪。体温升高至40.5～41.6℃。病初便秘，以后下痢，粪便黄色、恶臭，有时带血，弓背尖叫。耳、腹部及四肢呈红色，后期呈青紫色，最后呼吸困难，体温下降，痉挛，病程4～10天。慢性型（结肠炎型）：体温偏高，便秘和下痢交替出现，粪便呈灰白色，淡黄色或暗绿色，形同粥状，恶臭，有时带血和坏死组织碎片，皮肤上出现痂样湿疹，病程2～3周。死后剖检，脾肿大，边缘钝；肝、肾肿大出血；肠系膜淋巴结索状肿大，并呈大理石样；心内膜、心外膜、膀胱、胃黏膜均有出血斑。主要病变在盲肠和大结肠，肠壁增厚，黏膜上覆盖灰黄色弥漫性腐乳状物质，剥开底呈红色，有溃疡面；脾和肠系膜淋巴结肿大，常见到针尖大至粟粒大的灰白色坏死灶，这是猪副伤寒特征性病变。
病猪胴体消瘦，肝脏肿胀，体积增大2~3倍，带有灰白色的坏死斑点，其大小为针尖或米粒一般，切面油瘀，肝小叶充血甚至坏死；胆囊肿大，胆汁黑。色或棕色，性状粘稠，胆汁淤滞程度不一；肺部扩大出血，气管内存有大量纤维素；脾脏变深蓝色，肿胀血腥，坏死坚硬；淋巴结肿胀，表面有大量的出血点；肠系膜呈现光亮，肠系膜淋巴结索状肿胀，边缘充血，切面多汁。肠充血出血和坏死，十二指肠缩小而空虚，存有大量气体，肠黏膜大量脱落，回盲腔的黏膜上附着糠状物，剥离后出现溃疡。
副伤寒由副伤寒杆菌所致的急性传染病，副伤寒临床表现与伤寒相似，持续高热，食欲不振，舌苔厚腻，腹胀，心率快.表情淡漠，反应迟钝及玫瑰疹等。