诊断。该病在临床上容易同牛副结核病、大肠杆菌病、肠炎相混淆，应加以鉴别。副结核具有较长的病程，病牛体温不会升高，间或排出混杂血丝的粪便，但不存在球虫卵囊；大肠杆菌病通常在犊牛出生后数天内发生，且病牛脾脏肿大，但球虫病通常是1月龄左右的犊牛容易发生，且不会对脾脏直接产生侵害；肠炎通常呈个发或者散发，但球虫病通常呈群发，且往往在温度较高、潮湿多雨的季节发生。
犊牛球虫病主要发生于1月龄以上至2岁龄内的犊牛，临床可见排出恶臭血便，病理解剖学特征为直肠出血性炎症和溃疡，镜检粪便和直肠刮取物，发现卵囊可以确诊。
确诊该病可结合病牛特征，通过粪便镜检确诊。镜检具体方法:取新鲜带血粪便，放于烧杯内，加入15倍的饱和盐水，搅匀。将粪水用2层纱布过滤到另一烧杯内，静置10分钟。用金属圈蘸取粪水液膜于载玻片上，加盖玻片，10X40倍显微镜检査，发现多量的圆形、椭圆形卵囊，虫卵中央有一深褐色的圆形物，周围透明，整个卵囊外面有双层壳膜。
