预防仔猪腹泻主要措施包括给母猪注射传染性胃肠炎和流行性腹泻二联苗、大肠杆菌疫苗。加强饲养管理，特别是保暖工作，注意通风和环境卫生。
预防仔猪腹泻，首先要在母猪分娩前注射腹泻疫苗来预防，如果有了胃肠炎后，猪会日渐消瘦下去，治疗得当基本不会发生死亡情况。预防黄、白痢，可用大肠杆菌基因工程苗（有二价、三价、四价苗，按说明使用）。预防仔猪副伤寒，可在30日龄口服副伤寒菌苗。
仔猪传染性胃肠炎的死亡率不高，一般10-20%，高的也可达到30-50%。预防出生仔猪腹泻主要在临产母猪一个月前做仔猪腹泻工程苗。