对于牛口蹄疫的病理进行分析对于病情的诊断有着重要的意义。牛口蹄疫的临床症状主要是在口腔和蹄部出现水疱和溃烂，有些也会在咽喉、气管和胃黏膜上出现溃疡或圆形烂斑，肠黏膜有可见性的血性炎症发生。另一方面心脏的病变也是一个重要的临床症状。主要是指心包膜的弥散性以及点状出血，心肌松软等。
口腔和蹄部有水疱和烂斑，咽喉、气管、支气管和前胃黏膜有时可见到圆形烂斑和溃癀，真胃和肠黏膜可见出血性炎症。另外，具有诊断意义的是心脏病变，心包膜有弥漫性及点状出血，心肌松软，心肌切面有灰白色或淡黄色斑点或条纹，似虎皮上的斑纹，称为虎斑心。