在自然情况下，主要经消化道感染。在羔羊体质衰弱、抗病力降低时，大量病原微生物侵入，或原来存在于肠道的细菌毒力增强，便可导致发病。产气荚膜梭菌可在肠壁间隙迅速繁殖并产生毒素，毒素具有坏死性，造成肠壁坏死、溃疡，破坏肠组织的完善性。由于大量毒素扩散于各种组织器官，发生全身性中毒。细菌所产生的毒素引起许多组织的特征性损害，导致病羔各个系统和组织器官的破坏。此外，细菌代谢和分解产物以及组织分解产物，在病理发生方面具有很大作用。主要表现在肠道病变。
初生羊羔的肠胃功能比较弱，在各种不利环境条件作用下，较容易受一些细菌侵害而发生痢疾。B型魏氏梭菌、大肠杆菌和沙门氏菌等是引起羔羊痢疾最主要的细菌。这些细菌通过羊羔的脐带或消化道感染此病。由B型魏氏梭菌引起的一般称为梭菌性痢疾，由沙门氏菌引起的也称为白痢，由大肠杆菌引起的也称为副伤寒。
羔羊大肠杆菌病又称羔羊大肠杆菌性腹泻或羔羊白痢，是由致病性大肠杆菌所致羔羊的一种急性传染病，其病理特征为胃肠炎或败血症。羔羊在生后数日内，魏氏梭菌可以通过羔羊吮乳、饲养员的手和羊的粪便而进入羔羊消化道。在外界不良诱因如母羊怀孕期营养不良，羔羊体质瘦弱；气候寒冷，羔羊受冻；哺乳不当，羔羊饥饱不匀，羔羊抵抗力减弱时，细菌大量繁殖，产生毒素。羔羊痢疾的发生和流行，就表现出一系列明显的规律性。本病主要危害7日龄以内的羔羊，其中又以2~3日龄的发病最多，7日龄以上的很少患病。传染途径主要是通过消化道，也可能通过脐带或创伤。