牛场选用消毒剂有以下几个要点：消毒剂应选择对人、畜和环境比较安全、没有残留毒性，对设备没有破坏和在牛体内不产生有害积累的消毒剂。可选用的消毒剂有：次氯酸盐、有机氯、有机碘、过氧乙酸、生石灰、氢氧化钠、高锰酸钾、硫酸铜、新洁尔灭、酒精等。
消毒方法包括喷雾消毒、浸润消毒、紫外线消毒和喷撒消毒。喷雾消毒用一定浓度的次氯酸盐、过氧乙酸、有机物混合物、新洁尔灭等进行喷洒，主要用于牛舍清洗完毕后的喷洒消毒、带牛环境消毒、牛场道路和周围及进入场区的车辆消毒。浸润消毒使用新洁尔灭、有机碘混合物的水溶液进行洗手、洗工作服或胶靴。紫外线消毒在人员入口处设置紫外线灯照射杀菌。喷撒消毒在牛舍周围、入口、产床和牛床下面撒生石灰或氢氧化钠以杀灭细菌和病毒。牛舍的消毒每月进行一次，用1%浓度的氢氧化钠溶液喷雾消毒牛舍地面和墙壁，氨味浓时用过氧乙酸消毒，牛舍门口可用白灰消毒。