牛病毒性腹泻主要在消化道和淋巴组织，口腔(口黏膜、齿龈、舌和硬腭)、咽部、鼻镜出现不规则烂斑、溃疡，以食道黏膜呈虫蚀样烂斑最具特征。流产胎儿的口腔、食道、真胃及气管内有出血斑及溃疡。运动失调的犊牛，严重的可见到小脑发育不全及两侧脑室积水。
病牛表现高热，持续两到三天，腹泻，水样稀便，粪恶臭，含有血液或粘液。大量流涎流泪，口腔粘膜和鼻黏膜糜烂或溃疡。严重者整个口腔覆有灰白色的坏死上皮，像被煮熟样。孕牛可引起流产。
