结肠小袋纤毛虫存在滋养体和包囊两个发育阶段。滋养体呈椭圆形，大小不等，长约50～200μm，宽约30～100μm，体表有斜列纤毛，能使虫体快速旋转前进。虫体前端有由纤毛环绕的胞口和胞咽，通过纤毛运动将食物引入形成食物泡，食物泡随内质流动完成消化，不可消化残渣由胞肛排出。虫体内有两个伸缩泡，分别位于中部和后部，后部伸缩泡可能通过小管与胞肛相连。滋养体具有一大一小两个核，大核呈肾形位于中央，小核球形位于大核凹处。包囊圆形或椭圆形，直径40～60μm，新鲜时显绿或黄色，囊壁厚而透明。新形成包囊内可见活动的滋养体，随后成为颗粒状细胞质团，但仍含核、伸缩泡和食物泡结构。