最常见出现病变的器官是淋巴結、脾和肾。淋巴結肿胀、水肿和出血；肾脏出血大小不等，可从出血点到出血斑；肠道纽扣状坏死。出血点也可见于膀胱、喉、和心脏，也可广泛出現于胸腔和腹腔的浆膜上。常有非化脓性脑炎。
引起各器官组织出血，在皮肤、浆膜、黏膜、淋巴结、肾、膀胱、胆囊等处常有不同程度的出血变化，一般呈斑点状，有的出血点少而散在，有的星罗密布，以肾和淋巴结出血最为常见。淋巴结的变化有一定特征，外表肿大，呈暗红色，切面呈弥漫性出血或周边性出血，红白颜色相杂呈大理石样，多见于腹腔内淋巴结和颌下淋巴结。肾颜色变淡，表层有圆形小出血点，切开肾脏可见皮质、髓质、肾盂部有出血。脾脏边缘可见紫黑色突起（出血梗死灶），这是猪瘟特征性病变。剪开肠管，在盲、结肠黏膜部位（回盲口）可见到一个一个的轮层状溃疡（扣状肿），若有沙门氏菌继发感染，则在轮层状溃疡的基础上，又有弥漫性坏死性肠炎的变化。