猪支原体肺炎主要临床症状为干咳、气喘。尤以早晨、夜间、运动、进食后最为明显。新生仔猪和小猪感染后，极少出现呼吸道症状，但消瘦、生长缓慢；中猪多数以肺炎症状为主；成年猪以隐性感染，亚临床感染为主。病的早期，病猪特别是小猪，主要症状就是咳嗽，在吃食、剧烈跑动、早晨出圈、夜间和天气骤变时，发生最多，大多为单声干咳。病的中期，出现喘气症状，腹部随呼吸动作而有节奏的扇动，呈明显的腹式呼吸，特别是在站立不动或静卧时明显，呼吸次数每分钟为40～70次，甚至达到100次左右，小猪为多。病的后期，呼吸急促，呼吸次数增多。出现支气管附近淋巴组织增生，从而使肺泡之间的间隙增厚；这种增生的淋巴小结常常会压迫支气管，引起支气管扩张困难，每次呼吸时，有效的气体交换就减少，从而迫使猪增加呼吸频率，病情严重的猪就会出现喘气现象。猪支原体肺炎一般气温正常、腹式呼吸明显、咳嗽，食欲差，地方品种抗感染性差，猪场一旦发生猪支原体肺炎极难以净化，极大危险养猪业的发展。
感染初期，支原体聚集并粘连在支气管、细支气管以及气管上皮细胞上；有人把这种现象称为表面寄生。在深处的细小微支气管和肺泡处，几乎找不到支原体。肺炎支原体首先附着在纤毛上皮细胞上，然后逐渐引起感染细胞发生病变、死亡，导致部分纤毛功能受损或脱落；由于肺炎支原体感染引起纤毛变短变少，纤毛正常的摆动功能显著的下降，以致无法排除肺泡分泌液、空气源性的微细粉尘和各种致病原，为继发性感染大开方便之门。
猪群突然发病，张口喘气，呼吸次数剧增，口、鼻流泡沫，发出类似拉风箱的哮鸣声，咳嗽少而低沉，有时发生痉挛性阵咳，呈现犬坐姿势，腹式呼吸，病猪体温正常。临床症状发病猪慢性干咳、呈犬坐姿势是患病母猪和育肥猪较为典型的临床特征，在争食或受到驱赶剧烈奔跑后表现更为明显，每天早晨和晚上咳嗽次数较多，也有部分发病猪不咳嗽。